Участник Отечественной войны 1812 и заграничных походов 1813-1814, подполковник, восемнадцать раз был ранен, побывал во французском плену.
В марте 1817 года приезжает в Томск чтобы возглавить там инженерно-технические работы. Он приводит в порядок улицы, вместо полусгнивших деревянных мостовых строит гравийные шоссе, проектирует и обустраивает ключи, снабжающие население питьевой водой, укрепляет набережную реки Ушайки, возводит деревянный мост через неё, прослуживший более 100 лет. Помимо служебных обязанностей принимал активное участие в устройстве масонской ложи "Великого Светила".
В 1819-1821 ближайший помощник Михаила Сперанского по управлению Сибирью, позднее член совета военных поселений при Алексее Аракчееве.
Дружеские связи с братьями Бестужевыми, Кондратием Рылеевым и другими будущими декабристами привели Батенькова в ноябре 1825 года в Северное общество, где он примкнул к демократическому крылу. Участвовал в разработке плана восстания 14 декабря 1825, высказываясь за решительные действия и привлечение к восстанию народных масс. Намечался кандидатом в члены Временного правительства.
На следствии представил заявление о принадлежности к тайному обществу и согласии с его планами, писал, что выступление 14 декабря было 'Покушение 14 декабря - не мятеж, как к стыду моему именовал его несколько раз, но первый в России опыт революции политической, опыт почтённый в бытописаниях и в глазах других просвещённых народов'.
Из оставшихся в живых декабристов он понёс самое строгое наказание: был приговорён к вечной каторге, но содержался с 1827 по 1846 в одиночной камере Алексеевского равелина Петропавловской крепости. В крепости ему не разрешалось ни с кем общаться, из книг разрешено было читать только Библию.
В 1846 году был выслан в ссылку в Томск. После амнистии (1856) жил в Калуге и скончался от воспаления лёгких.